Inhaxiô sinh tại lâu đài nhà Loyola, xứ Basque (ngày nay là Gipuzkoa, Tây Ban Nha)[2]. Tên của ông khi nhận nghi thức Thanh Tẩy là Inigo (đặt theo Thánh Innicus, viện phụ đan viện Oña), một cái tên theo tiếng Basque có nghĩa là "chú bé". Không rõ từ khi nào mà ông bắt đầu sử dụng tên Inhaxiô (Ignatius) thay cho tên Inigo. Năm 13 tuổi, Inigo López được bà María de Garin - vợ của một người thợ rèn địa phương cưu mang sau khi mẹ ruột của mình qua đời. Vì vậy, Inigo đã được thêm phụ họ "de Loyola" nhằm chỉ đến nguyên quán Loyola, nơi ông được sinh ra.

Năm 1509, Inigo tòng quân của Antonio Manrique de Lara, Công tước thành Najera và Tổng trấn thành Navarre nhằm muốn sau này được thăng tiến thành một công tước. Dưới sự lãnh đạo của Công tước này, Inhaxiô đã tham gia nhiều trận đánh mà không bị thương tích gì. Nhưng vào ngày 20 tháng 5 năm 1521, quân đội Pháp tấn công pháo đài Pamplona, ông bị một viên đạn bắn vào chân. Thấy Inhaxiô ngã gục, lập tức cả đơn vị trong thành đều đầu hàng. Sau khi chiếm được thành, binh lính Pháp vẫn đối xử tử tế với Inhaxiô và để ông ở tại lâu đài Pamplona khoảng mười lăm ngày. Sau đó, họ đặt ông lên cáng và khiêng về đến tận nhà ở Loyola. Thời đó, y học chưa có thuốc gây mê để phẫu thuật vết thương, nhưng qua hai lần phẫu thuật xương chân mà ông vẫn không hề thốt ra một tiếng nào, chỉ thấy ông nắm chặt hai bàn tay vì đau đớn. Tình trạng sức khỏe của ông ngày càng trầm trọng, Inhaxiô không thể ăn uống được gì và có những biểu hiện sắp chết. Vài ngày trước lễ thánh Gioan Baotixita (24 tháng 6), người nhà đề nghị ông xưng tội. Đến trước ngày lễ Thánh Phêrô và Phaolô (29 tháng 6), các y sĩ nói rằng nếu trước nửa đêm mà Inhaxiô không khá hơn thì coi như chắc chắn sẽ chết. Nửa đêm hôm ấy, ông cảm thấy bớt đau, và ngày hôm sau thì vượt qua được tình trạng nguy kịch.